段祺瑞上台后，以“再造共和”功臣自命，独揽军政大权，拒绝恢复《临时约法》和召开国会。于是孙中山以维护《临时约法》为号召，联络海军总长程壁光及西南军阀于1917年 9月在广州建立了与北京政府对峙的护法军政府。段祺瑞面对此局势，立即决定对南方实行“武力统一”的军事讨伐。9月18日零陵镇守使刘建藩和驻衡阳湘军旅长林修梅通电宣布湖南“自主”。10月6日，护法战争首先在湖南爆发。正当段祺瑞全力对南方用兵之际，代大总统冯国璋却提出了与段祺瑞的“武力统一”对立的“和平统一”政策，即保持西南各省军阀割据现状，以换取他们对北京中央政权的承认，保持中国名义上的统一。冯为了贯彻他的“和平统一”政策，利用他直系军阀首领的地位，密遣其婿陈之骥赴湘，运动王汝贤、范国璋联名通电主和。于是王、范通电：“恳请大总统下令征求南北各省意见协议组织立法机关，议决根本大法，以垂永久而绝纷争……。”10月20日冯又指使“长江三督”联名提出停止湖南战争，撤回湖南督军傅良佐，改善内阁和调整倪嗣冲安武军驻防四项主张。段对南方战争彻底失败。12月25日，冯国璋发布“弭战布告”，要求南北两军“于军事上先得各方之结束，于政治上乃徐图统一之进行。”冯国璋的“和平统一”政策暂时占了上风。

明争暗斗不敌段祺瑞  

段祺瑞虽然一度下野，但皖系实力仍存无损。因此段下台后，竭尽全力破坏冯的“和平统一”政策。首先拉拢直系内部主战派首领直隶督军曹锟于12月召开“天津会议”，煽动继续对南方用兵；同时，段还指示徐树铮勾结奉系军阀张作霖派兵入关，以威胁冯国璋。冯虽有十五师、十六师，却仍感力量单薄，而敷衍西南的“和平统一”政策因进行缓慢而无效果，致使护法战争于1918年1月中旬重新交火。段祺瑞的阴谋得逞，冯在北京陷于孤立。 

1月26日冯借出京“巡视”为名，率领1000余名卫队，准备赴南京与李纯等人商讨反段大计。当冯的专车抵达天津时，曹锟率直隶军政大员在车站欢迎。冯一行人在天津曹家花园小住一夜。曹锟向冯表示：“无论和战，吾辈坚决服从命令。”第二天，冯国璋继续乘专车南下，27日下午抵达济南，山东督军张怀芝登车晋谒总统，并同车赴蚌埠。此时段祺瑞急电倪嗣冲阻止冯前往南京。  

28日上午冯国璋专车抵达蚌埠，倪嗣冲率亲信十余人到站迎接，见到冯劈头第一句就说：“在天津小站时，咱还是个文官，如今居然也领兵了，咱们多时相好，如今你是大总统，我还是个督军，天差地远，我看这督军觐见大总统的大礼就免了吧！”下车后到了倪嗣冲署府，冯国璋也不甘示弱，刚坐定，就对倪嗣冲说：“督军不听中央的命令不必说，就是一个师长、旅长，索饷索械比什么人都凶，一点点不如意就通电反对中央，请老弟代我想想，这样的总统做得下去吗?”倪嗣冲因事前接到段祺瑞密电命令他阻止冯国璋赴南京，所以对冯的态度极为恶劣，他竟然指着冯国璋说：“是战是和，你是当总统的，总统先有个主意，究竟你的主意何在?你为何不明白说出来！你和段总理已是数十年的老朋友了。  

可是，现在你只顾自己的总统地位，而不顾总理的面子，此种举动真令吾辈寒心。”不待冯讲话，倪又连珠炮般地发泄内心的不满：“不知总统是否还记得当年在天津武备学堂当学生时候，校长不是我们安徽的李文忠(李鸿章)吗。如今安徽人真倒霉了，当年卵翼出来的学生一个个都忘了本，同咱们捣起蛋来，这还了得吗！”说到此他竟然拍案大哭起来，说什么：“总统，现在国家已经危险万分，我们北洋派也到了万分危险的时候，你看南方的势力这样嚣张，还有小人在总统跟前挑拨，说你是直派，说段总理是皖派，说你俩闹意见，现在又造谣言说直皖两派要分。若真的分了，我们自相水火，那北洋派就完了。”倪的一席话竟使冯国璋也流下了眼泪，跟随冯国璋的田文烈见此情形，便说：“总统原来是与倪督军、张督军诸君商议讨伐西南之事呢，既然这样，待总统回去即下讨伐令好了。”冯国璋欲赴南京，倪当即说：“你若回北京，我可以放行，若去南京，我便扣留你在此。”冯国璋不得已，只得折回北京。

冯国璋回到北京后，于1月30日下讨伐令，派曹锟、张怀芝、张敬尧率军进犯湖南，并于2月上旬下“罪己布告”说，“上年湖南事起，阁议主张用兵，国璋……冀以武装促进和平，而未尝以力征誓于有众。……长沙陷落，大损国威……正宜申明纪律，激励戎行……国璋不审傅良佐等之躁率而任用之，是无知人之明也；叛军幸胜，反议弭兵，国璋轻许之，是无料事之智也。国璋即当返我初服，以谢国人。……”冯国璋效法专制君王用“罪己诏”的形式缓和与段棋瑞一派的紧张关系，尽力向段表示让步，以平息皖系军阀政客们的怨气。3月23日复任段祺瑞为国务总理。  

段祺瑞的“武力统一”又占了上风．但冯国璋并不甘心“和平统一”政策的失败，他密电曹锟率兵南下“适可而止”，不必过于深入为他人效力，“以恢复湘省为止”。曹接电后，心领神会，回电说：“决不令主座为难。尽请放怀！”吴佩孚率直军攻占长沙后，段电吴“直捣两广”，吴借口饷械供应不及，故意按兵不动。段为了早日完成他的“武力统一”，便极力笼络曹锟、吴佩孚。当段准备升任曹锟为两湖巡阅使兼湖北督军的消息传出后，冯国璋急忙致电曹锟：“久戎于外，直隶根本之地，未免空虚，倘有疏虞，便无退步。”于是直军占领衡阳后，曹锟力辞两湖巡阅使，立即回到天津，吴佩孚亦屯兵不前，并与护法军划界停战，致使段的“武力统一”到此为止。

段祺瑞企图再以名位引诱曹、吴继续为其卖力，使授曹锟为川粤湘赣四省经略使，授吴佩孚为“孚威将军”。未几，段祺瑞又“秘以副总统许曹”。并且亲往湖北犒师。冯国璋此时恐怕曹锟再次受骗，便派陆建章赴天津说服曹锟，放弃南征，回到直系与李纯等人合作把局面转向和平。结果陆建章在天津被段的第一亲信徐树铮诱杀。段祺瑞深知阻碍“武力统一”的主要障碍是冯国璋，于是便指使亲信王揖唐为首的“安福俱乐部”收买政客，操纵国会选举，把冯赶下台去。安福系乘冯国璋继黎元洪总统任期已满，按照事前段祺瑞的部署选举徐世昌为新总统，冯只得把总统的“宝座”让了出来。不久，冯离京回到故里河间。