顾颉刚创立“古史辨派”后，经十年拓展，到30年代初，已处于一生声望的巅峰，童书业便在这时成为他的爱徒。

   童书业连中学也没进过，却酷爱文史。童书业沿着顾颉刚疑古辨伪的思路写出《礼记考》和《虞书疏证》。童书业的《少康中兴辨》成为顾颉刚、童书业合写《夏史三论》的重要组成部分，师徒二人密切的学术合作正式开始。

 在顾颉刚学术组织活动最紧张的时刻，需要一个研究助手，顾颉刚选中了童书业。1935年6月，童书业应约抵达北平时，顾颉刚亲赴车站迎接，并让童书业担任自己在燕京大学和北京大学教授“春秋史”课的助教，薪金由顾颉刚自己支付，食宿也在顾颉刚的家里。

   童书业1949年任山东大学历史系教授后，一时研究硕果累累，引人注目，成为新史学界的新星。然而，在解放后的“知识分子思想改造运动”中，童书业九次自我批判都没能通过，为求解脱他写了《〈古史辨派〉的阶级本质》，与老师顾颉刚划清界限。

 顾颉刚的另一高足杨向奎此时也发表文章对“古史辨派”的学术思想进行批判。童杨之举对顾的伤害之深，难以估量。但经过一段时间之后，顾颉刚的创伤就弥合了。1954年5月，顾颉刚的另一个学生王树民来信，谈到童杨文章，为他鸣不平。顾颉刚在复信时十分肯定地说：“此是渠等应付思想改造时之自我批判耳，以彼辈与《古史辨》之关系太深，故不得不作过情之打击。”表现了为师者的大度、宽容和理解。

 继之，在对胡适的大规模批判运动中，童书业不得不再一次走上了对“古史辨”进行“过情之打击”以实现自我超度的道路。但一系列的变故并没有割断他们的师生情。童书业恢复学术研究后，将研究方向又转向古史、古籍的考辨。首先于1961年开始作《中国美术史札记》，到1965年动笔写《春秋左传考证》，1967年下半年写出《春秋左传札记》，这样的著述一直到他逝世前的几个月。这就揭出了这样一个事实：尽管从1951年起童开始从精神上告别顾颉刚，告别“古史辨派”，甚至批判“古史辨派”，试图进入主流史学中去，但自1961年写《中国美术史札记》始，童终于又返回到顾颉刚这边来了。这期间，顾颉刚、童书业之间的学术交往肯定不少，但惜无资料可供凭借。但从目前仅存的《顾颉刚年谱》中的零星资料和一封珍贵书信中可以窥出顾颉刚、童书业之间学术上相依为命的殷殷情谊。

 1963年末，顾颉刚病重手术前写给童书业的信中说：“……承告五事，具见爬梳抉剔史料之功力，无任钦服。有您这般的功夫和识力，经与子打通，春秋史与战国史打通，发见前人所想象不到的问题。真是出人意外，入人意中。将来您的《春秋左传考正》成书，将发出永久的光辉。……（我）四十年来，能安定治学者殆无几时。倘使病不能愈，真当衔恨入地。平生积稿，只有赖诸位至交为作整理。您为最知我者，所负之责任亦最重也。”顾颉刚手术前的这封信，实带有临终遗言之性质，许童书业“为最知我者”，可以说以前一切不愉快至此已经一扫而空。

  没想到，童书业竟先顾颉刚而去了。童书业的遗稿《春秋左传考证》和《春秋左传札记》竟是由其恩师订正、作序并推荐出版的。