在台湾光复后的三十年时间里，蒋介石使用铁腕手段打击“台独”活动，“台独”势力在其在世期间始终没成什么气候。当时，两岸虽处于敌对状态，但始终默契地形成“一个中国”的共识。蒋介石曾说“谁搞台独，我搞谁的脑袋”，“台独是中华民族的最大隐患”。

运用强力手段坚决打击“台独”

早在一九四五年秋，日本驻台主战派军官宫牾郎、牧泽一夫等人的“台独”图谋就引起了蒋介石的注意。台湾省主席陈仪去接收台湾前，蒋多次叮嘱陈仪，要注意防范“台独”活动，对“台独”组织及“台独”分子要严厉打击。根据蒋介石的指示，陈仪采取果断措施，对“台独”组织及其骨干分子进行严惩。一九四六年初，由日本支持的“台湾自治委员会”的主要成员先后落网。同年七月二十九日，台湾省军事法庭以“共同阴谋窃据国土罪”将这些人处以重刑，“台湾自治委员会”随后土崩瓦解。这是国民党政府接收台湾后，打击的第一个“台独”组织。

一九四九年蒋介石在去台湾之前，就授意陈诚在台湾颁布“戒严令”，防止岛内发生“台独”动乱。其中“内乱”罪条款中规定：“意图破坏团体、窃据国土、或以非法之方法变更国宪、颠覆政府，而着手实行者，处七年以上有期徒刑，首谋者处无期徒刑。”在一九四九年六月二十一日台湾省政府颁布的《惩治叛乱条例》中规定：“预备或阴谋犯叛乱罪者处十年有期徒刑。”也就是说，即使没有付诸行动，也可以预备犯或阴谋犯的罪名予以打击。

一九五二年二月，“台独”分子史明、周浩等人在台秘密组织“台湾独立武装队”，并在岛内四处搜寻建立“台独”武装的武器，试图发动武装暴动，推翻国民党统治。蒋介石获悉后，下令保安司令部火速侦缉。此案很快破获，该组织成员大部分落网，其主要头目史明秘密逃往日本，但在蒋介石严令下，最终将史明抓获归案。这次行动强烈震慑了海外“台独”分子。 一九五九至一九六九年间，国民党当局先后破获了多起“台独”大案。这些行动基本铲除了岛内的“台独”组织，“台独”骨干分子不是落网，就是潜逃岛外。在台湾光复后的三十年时间里，蒋介石使用铁腕手段打击“台独”组织，“台独”势力在其在世期间始终未能在岛内掀起大风浪。

软硬两手瓦解海外最大“台独”组织

蒋介石打击“台独”活动软硬兼施，除了强力打击外，还采用多种手段瓦解“台独”势力，其中最突出的例子就是招降“台独”元老廖文毅。在蒋介石得知廖文毅在日本组织了“台独政府”，进行“台独”活动时极为愤怒，多次指示时任情报部门负责人的蒋经国注意该组织的动态，采取措施狠狠打击。由于廖文毅“台独”组织的总部及主要成员不在台湾岛内，逮捕不太方便，蒋介石和蒋经国决定用软硬两手打击该组织：一面对其在岛内的同伙进行严惩，没收其所有财产；一面公开号召该组织成员主动投诚，并派特工到日本，打入廖文毅的“台独”组织内部进行策反。

二十世纪六十年代，“台独”势力发生内讧，国民党当局趁机分化瓦解“台独”势力。根据老蒋的指示，台湾“调查局”局长沈之岳曾数次到日本，对廖文毅“台独”组织的主要成员进行跟踪、策反。经过艰苦努力，“调查局”成功策反了“台湾民主独立党”的“中央委员”陈哲民，使其退出了“台湾民主独立党”，然后以陈哲民为突破口，陆续策反了十余名“台湾民主独立党”的“中央委员”。一九六五年五月，经过国民党当局的多次工作，廖文毅终于放弃独立主张，解散“台独”组织回到台湾。此后，“台湾民主独立党”群龙无首，渐渐萎缩。随后，在日本和香港的数个“台独”组织都被策反，并陆续解散，“台独”势力在东亚地区受到了重大打击，这也是“台独”势力转移阵地迁到美国的重要原因之一。
反对外国势力分裂中国的图谋

蒋介石虽然依靠美国的支持维持在台湾的统治，但是对美国分裂中国的图谋绝不妥协。第一次台海危机时期，美国要求蒋介石放弃外岛(即金门、马祖两岛)。老蒋坚决不同意，因为放弃外岛就会使台湾与大陆的联系完全隔绝，使得分裂的局面很可能永久化，势必造成“两个中国”的局面；另一方面，两岛也是台军将来“反攻大陆”的前沿阵地，战略位置极其重要。

一九五四年九月三日，解放军炮击金门。这时，西方反华势力加紧染指台湾的活动。一九五五年一月二十八日，在美、英两国的教唆下，新西兰向联合国提案，把两岸对峙说成是“国际冲突”，要联合国出面“斡旋停火”，旨在将中国内政问题国际化，制造“两个中国”。对此，蒋介石明确表示反对。同期美国政界出现许多危及国民党当局“法统”地位的舆论。一九五五年二月八日，蒋介石发表长篇演讲，驳斥“两个中国”和“台湾地位未定论”，揭露这种说法“显然是别有阴谋”。二月二十四日，蒋介石在记者会上痛斥“‘两个中国’的说法真是荒谬绝伦”，之后蒋介石又重申“台湾和大陆本属一体，骨肉相关，休戚与共”。在蒋介石的反对和大陆方面的强烈抗议下，再加上苏联代表的表态，最终使美国政府暗中操纵的《新西兰提案》流产。